신선한 완숙 과실을 이용하는 것이 좋으나 부산물을 이용하기 위하여 파손된 과실도 원료로 이용한다.

과실을 흐르는 물에 씻어 흙이나 모래 등의 이물질을 제거한 후 바구니에 담아 물기를 없앤다.

파쇄 전에 부패된 부분을 칼로 먼저 제거하고 절구나 파쇄기에 넣어 파쇄한다. 그러나 대량 생산할 경우에는 파쇄하지 않고 그대로 술통이나 바구니에 담아 물러지도록 한다.

당도를 24%로 보정한 과즙을 항아리나 첨나무 술통에 7할 정도 채운 후, 서늘한 곳간이나 창고에서 발효를 시킨다. 발효초기에는 공기가 잘 통해야 하므로 항아리의 뚜껑을 망사로 덮어준 후, 하루에 1 ∼ 2회 저어주면서 통기량을 늘려 산소공급을 원활하게 하여 발효를 촉진시켜 준다. 발효초기에 통기량이 많으면 효모의 증식이 빨라 발효기간이 단축된다. 또한 온도에 따라 발효기간도 달라지는데 15℃에서는 3 ∼ 4주, 20 ∼ 25℃ 온도에서는 1 ∼ 2주, 30℃에서는 1주 이내에 주발효가 끝나기도 한다.

많은 양을 제조할 때는 씻어서 바로 통에 넣어 물러지게 하면서 발효시키기 때문에 평균기온이 15℃이하로 떨어질 때는 불을 피워 25℃ 내외로 유지시켜 주어야 기간을 단축시킬 수 있고 좋은 발효를 기대할 수 있다.

주 발효가 끝나면 찌꺼기를 분리하고 남아있는 액을 알콜농도가 4 ∼ 6% 되도록 물을 부어 희석한 다음 25 ∼ 30℃에서 초산발효를 시킨다.

알콜의 초산발효는 발효과정 중에 다량의 산소를 필요로 하므로 통기량을 많게 하기 위해서, 표면적이 넓은 용기를 사용하여 액층을 낮게 해주는 것이 효과적이다. 초산발효의 최적 조건은 알콜 농도가 4%, 배양온도가 30℃일 때 초산 생성률이 가장 높다.

주액을 초산발효할 때 발효과정중 표면에 초산균막이 형성되는데 이 균막이 형성될 때까지 온도가 급격히 떨어져 발효가 늦어지므로 움직이지 말고 발효시켜야 한다.

과실 식초의 숙성기간은 식초의 종류에 따라 다르나 대개의 경우 5 ∼ 10℃에서 2 ∼ 3개월이 소요되며, 숙성과정 중에 고유한 초산의 자극성이나 향미의 원숙이 이루어지고 미분해단백질, 펙틴, 균체 등이 침전되어 여과정제를 용이하게 한다. 식초를 6개월 이상 저장하면 초산의 자극냄새가 감소되고 향기와 맛을 내게 되는데, 이는 주정과 초산이 숙성 중에 발효하여 에스테르로 변하기 때문이다. 식초는 숙성과정 중에 맛과 향기가 더욱 좋아진다.

식초 중에는 초산균 이외에도 내산성의 불완전균인 모니리아속(Monilia 屬) 등이 존재할 수 있으므로 품질 보존을 위해서 살균을 해야 한다.